중기부와 국세청이 2026년 AI 지원사업에 선정된 중소·스타트업 2,559개사에 세정지원을 연계한다. 지원 기간은 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지다. 중기부가 20개 사업의 선정 명단을 국세청과 공유했고, 국세청은 이를 토대로 지원 대상을 확정한다. 지난해 12월 양 기관 업무협약의 후속 조치다.
창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 선정에서 제외된다. 그 밖의 AI 중소기업은 신청하면 2년, 지방 소재 기업은 3년 유예받을 수 있다. 명백한 탈루 혐의가 없으면 신고내용 확인 대상에서도 제외한다. 연구·인력개발비 세액공제 사전심사와 법인세 컨설팅 우선 처리, 납부기한 연장·담보 면제·압류·매각 유예·경정청구 우선 처리·법인세·부가가치세 조기 환급, 전용 세무상담도 제공한다.
연구·인력개발비 세액공제 사전심사는 기업 지출이 공제 대상 연구활동과 비용 요건에 맞는지 신고 전에 확인하는 제도다. 내국법인과 거주자는 법인세·소득세 신고 전에 홈택스·우편·세무서 방문으로 신청할 수 있고, 전체 지출 가운데 일부 항목만 심사를 요청할 수도 있다. 이미 쓴 비용뿐 아니라 가까운 시일 안에 지출할 예정인 비용도 객관적 자료로 예정 사실이 입증되면 대상이 된다. 신청서와 연구개발비 명세서·보고서 외에 연구원 등록현황·업무분장표, 급여대장, 과제별 재료비 내역, 위·수탁 계약서, 내부보고서와 연구노트 같은 증빙을 제출해야 할 수 있다. 심사는 전화·서면 사실 확인을 통한 비대면 방식이 원칙이며, 필요하면 신청인과 협의해 최소한의 현장 확인을 한다. 신고에서 세액공제를 빠뜨린 경우에는 경정청구나 기한 후 신고 전에 신청할 수 있다. 처리가 끝나면 결과통지서로 결과를 알리고, 신청자는 결과에 이의가 있을 때 한 번 재심사를 청구할 수 있다. 심사받은 내용은 신고내용 확인이나 감면 사후관리 선정 대상에서도 제외된다고 국세청은 안내한다. 발표의 ‘우선 처리’는 검토 순서에 관한 것으로, 사전심사 통과나 세액공제·환급을 보장하지 않는다.
국세청의 일반 정기조사 안내에는 조사대상자가 안내문을 받은 뒤 3개월 안에서 희망 착수월을 1·2순위로 고르고, 실제 조사 시작 20일 전 사전통지를 받는 절차가 소개돼 있다. 이 시기선택제는 일반 정기조사 일정 조정 절차로, 앞서 설명한 AI 지원의 신청형 유예와 구별해야 한다.
AI 업종이라는 이유만으로 모든 지원이 자동 적용되는 것은 아니다. 지원 대상은 중기부 AI 사업 선정기업이며, 조사 제외와 유예 기간은 창업 연차·소재지·신청 여부에 따라 다르다. 기업은 선정 사업과 요건을 확인하고, 신청이 필요한 항목은 국세청 AI 기업 전용 세무상담에서 접수 조건을 문의할 수 있다.